亚利西亚联邦研发的宇宙铁人——空迪因和陆迪因突然萌发了自主意识，他们袭击了布林克博士，意图实行反人类计划。但布林克博士死前下了一道限制，所以空迪因和陆迪因不得不以人类的形态活动。他们想夺取人造卫星武器“XV2”的力量，因此空迪因化身为“OSTO·Legacy”的白山静，前往天高找上了假面骑士部。她谎称需要借助假面骑士部的力量来阻止宇宙铁人的阴谋，将弦太朗一行人骗去了太空。但亚利西亚联邦特工——因娜布林克，联同她的拍挡黑骑士，一直在阻碍大家，数次交手后，流星和友子发现因娜似乎并不是他们想象中冷血无情的杀手。问清事情缘由后，弦太朗一行人得知这一切都是空迪因和陆迪因的险恶阴谋！但限制已经解除，弦太朗和流星即使变身为假面骑士卌骑、假面骑士流星，也难以抵挡空迪因和陆迪因兄妹联手。苦战过后，天文开关也全部受损，弦太朗身受重伤，情况十分危急，友情的力量能否拯救众人度过这次危机呢……

本作主人公为高中生，也是假面骑士史上年龄较小的骑士，口头禅为“宇宙来了”。这是假面骑士系列第一次以高中校园作为故事舞台，以高中生作为主角。 主角如月弦太朗是转校生，梳着飞机头，梦想是“与学校的所有人成为朋友”。他的同班同学歌星贤吾，拥有神秘的天文开关和月球基地——玉兔舱。二人的相遇，促使了假面骑士卌骑的诞生！弦太朗与朋友们共同创立了假面骑士部，在宇宙与学园的舞台上，与朋友们一起成长，共享有泪有笑的青春。